Апелляции подаются в соответствии с Порядком проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам среднего общего образования, утвержденным приказом Минпросвещения России и Рособрнадзором. Согласно пунктам 96-102 Порядка ЕГЭ апелляция подается о нарушении Порядка ЕГЭ и/или о несогласии с выставленными баллами. Конфликтная комиссия не рассматривает апелляции по вопросам содержания и структуры заданий по учебным предметам, а также по вопросам, связанным с оцениванием результатов выполнения заданий с кратким ответом, нарушением участником экзамена требований Порядка ЕГЭ и неправильным заполнением бланков ЕГЭ.

Апелляцию о нарушении Порядка ЕГЭ участник экзамена подает в день проведения экзамена по соответствующему учебному предмету члену Государственной экзаменационной комиссии, не покидая пункт проведения экзаменов.

Апелляция о несогласии с выставленными баллами, в том числе по результатам перепроверки экзаменационной работы, подается в течение двух рабочих дней, следующих за официальным днем объявления результатов экзамена по соответствующему учебному предмету.